Ежедневно в музее проходят экскурсии по истории Владивостокской крепости в музее и по объектам крепости. Выставки, праздники, связанные с памятными датами и событиями, встречи, зрелищные праздники, турниры боевых искусств, концерты.
Музей "Владивостокская крепость" является специализированным подразделением Приморского отделения Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры. ПКО ВОО ВООПИиК занимается вопросами восстановления историко-культурного наследия, в т.ч. ведет поиск потомков людей, связанных с историей открытия, заселения Приморского края, строительства г. Владивостока и Владивостокской крепости, также нас интересуют сведения о людях, служивших в крепостях Владивостока и Порт-Артура в период до 1922 года и участниках русско-японской войны.