Агентству, в частности, "передаются функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере рыболовства, охраны, рационального использования водных биологических ресурсов, а также по контролю и надзору за водными биологическими ресурсами и средой их обитания во внутренних водах РФ"
При этом источник в правительстве не исключил, что Госкомрыболовства может быть подчинено Министерству сельского хозяйства.