В 2010 году с пассажиров рейсов, следовавших в Японию, авиакомпания взимала дополнительно, сверх пассажирского тарифа, топливный сбор, который в феврале составлял 456 рублей, а в апреле увеличился до 1260 рублей. Размер топливного сбора при покупке в этот же период времени авиабилета по маршруту Хабаровск - Москва - Хабаровск составлял 600 рублей. По информации авиакомпании при реализации авиабилетов на указанные рейсы с покупателей взимается, сверх пассажирского тарифа, топливная надбавка (сбор YR), которая является составной частью тарифа за авиаперевозку и отражает интенсивную динамику колебания цен на авиатопливо. Однако, документы, устанавливающие конкретную взаимосвязь между размером топливной надбавки и сложившейся рыночной и конкурентной ситуацией, ОАО "Владивосток Авиа" не предоставило.
Комиссия Хабаровского УФАС всесторонне и полно изучила имеющиеся в распоряжении документы и информацию по изменению цены на авиатопливо в аэропортах Хабаровска, Москвы (Внуково) и Ниигаты (Япония) и изменению размера топливной надбавки при перевозке пассажиров по маршрутам Хабаровск - Ниигата - Хабаровск и Хабаровск - Москва - Хабаровск в 2010 году. Сделан вывод, что топливная надбавка не отражает динамики изменения цены на авиатопливо. Цены на авиатопливо в 2010 году существенного роста не демонстрировали (более того, в 2010 году в аэропорту Хабаровска происходило снижение цены). А все расходы на авиатопливо в стоимость билета уже включены в полном объёме.
Злоупотребляя своим доминирующим положением, ОАО "Владивосток Авиа" ущемляло интересы авиапассажиров. Своими действиями общество нарушило статью 10 Гражданского кодекса Российской Федерации, часть 1 статьи 10 Закона о защите конкуренции.
Авиакомпания должна будет уплатить административный штраф в размере 10 млн. 354 тыс. 400 рублей за нарушение ФЗ "О защите конкуренции".
Высокие цены на билеты из Владивостока в японские аэропорты, рейсы в которые выполняет Владивосток Авиа, в апреле 2011 г. были объектом проверки Приморского УФАС. В надзорное ведомство обратились авиапассажиры, которые пожаловались на факты продажи билетов на рейсы из Японии по более дорогой цене. УФАС подтвердил, что цена на билеты для граждан, кто спасаясь от радиации в Японии покупал билеты непосредственно перед вылетом, действительно была высокой, однако нарушений в этом со стороны компании не нашел. В качестве довода УФАС указал, что высокая цена на билеты была обоснована существующими в ОАО "Владивосток Авиа" тарифами.
