История архитектурного комплекса Архиерейского подворья началась в 1900 году со строительства небольшого двухэтажного дома с церковью. К 1915 году здание уже состояло из 3 частей: дом, в котором находились квартира епископа, канцелярия и службы; одноэтажная купольная церковь с высокой 3-ярусной шатровой колокольней и восьмигранная башня-часовня. В таком виде Архиерейское подворье просуществовало до 1934 года, когда оно было изъято у Русской православной церкви и затем неоднократно передавалось в собственность различным организациям и учреждением. К 1989 году архитектурный комплекс полностью пришел в упадок.
С 1989 года началось постепенное возрождение Подворья и возвращение зданий комплекса Владивостокской епархии. С 27 декабря 1995 года по благословению архиепископа Владивостокского и Приморского Вениамина в зданиях комплекса расположилась Марфо-Мариинская обитель милосердия.
