Андрей Рагожкин родился 31 мая 1959 года в Иркутской области. В 1981 году закончил Красноярский политехнический институт. С 1984 года служит в органах госбезопасности. Имеет два соответствующих специальных образования.
С 1997 года Андрей Рагожкин работал на руководящих должностях красноярского управления ФСБ. С 2004 года там же занимал должность заместителя начальника, а с 2007 года – первый заместитель начальника управления ФСБ РФ по Красноярскому краю.
Имеет многочисленные поощрения со стороны руководства.
Губернатор Сахалинской области Александр Хорошавин и новый начальник регионального управления ФСБ Андрей Рагожкин на встрече обсудили планы и перспективы работы на островах.